1. Ingeniería de Sistemas de Proceso: Las actividades de esta línea se orientan al diseño, simulación, control y optimización de sistemas de producción discretos o continuos e incluye: modelado, diseño, optimización y control de sistemas de proceso, maquinas y secuencias de operaciones; el desarrollo de estrategias para la automatización y mejora de mecanismos, maquinas y sistemas de proceso, entre otros aspectos del área de Ingeniería básica.
2. Ingeniería y Tecnología de Materiales: En esta línea de investigación se tiene como actividades principales el estudio de la interacción de la energía radiante con la materia y los efectos superficiales y estructurales a nivel molecular. También, se realiza la síntesis y estudio de nuevos materiales con énfasis en aplicaciones industriales y ambientales.
3. Ingeniería Ambiental y Energías Renovables: Las actividades de esta línea comprenden la síntesis, modelación e implementación de estrategias para el tratamiento de efluentes gaseosos y líquidos, así como el desarrollo de estrategias para la disposición, reciclado y aprovechamiento de residuos. También, se llevan a cabo proyectos relacionados con la implementación y desarrollo de procesos para el uso y aplicación de energías renovables tales como energía solar y bioenergía.
4. Ingeniería de la Computación: Esta línea comprende la resolución de problemas computacionales complejos relacionados con la automatización, optimización, diseño y desarrollo de aplicaciones enfocadas a diversos procesos mediante la propuesta de nuevas metodologías, técnicas, herramientas, y tecnologías de Inteligencia Artificial e Ingeniería de Software, así como la aplicación del conocimiento ya existente en Ciencias Computacionales.